杂交瘤克隆化一般是指将抗体阳性孔进行克隆化。因为经过hat筛选后的杂交瘤克隆不能保证一个孔内只有一个克隆。在实际工作中，可能会有数个甚至更多的克隆，可能包括抗体分泌细胞、抗体非分泌细胞、所需要的抗体（特异性抗体）分泌细胞和其它无关抗体的分泌细胞。要想将这些细胞彼此分开就需要克隆化。克隆化的原则是，对于检测抗体阳性的杂交克隆尽早进行克隆化，否则抗体分泌的细胞会被抗体非分泌的细胞所抑制，因为抗体非分泌细胞的生长速度比抗体分泌的细胞生长速度快，二者竞争的结果会使抗体分泌的细胞丢失。即使克隆化过的杂交瘤细胞也需要定期的再克隆，以防止杂交瘤细胞的突变或染色体丢失，从而丧失产生抗体的能力。
克隆化的方法很多，常用的是有限稀释法和软琼脂平板法。
1．有限稀释法克隆
（1）克隆前1天制备饲养细胞层（同细胞融合）。
2）将要克隆的杂交瘤细胞从培养孔内轻轻吹干，计数。
（3）调整细胞为3～10个细胞/ml。
（4）取头天准备的饲养细胞层的细胞培养板，每孔加入稀释细胞100μl。孵育于37℃、5%二氧化碳培养箱中 。
（5）在第7天换液，以后每2～3天换液1次。
（6）8～9天可见 细胞克隆形成，及时检测抗体活性。
（7）将阳性孔的细胞移至24孔板中扩大培养。
（8）每个克隆应尽快冻存。
2．软琼脂培养法克隆
（1）软琼脂的配制：含有20%ncs（小牛血清）的2倍浓缩的rpmi1640。
①1%琼脂水溶液：高压灭菌，42℃预热。
②0.5%琼脂：由1份1%琼脂加1份含20%小牛血清的2倍浓缩的rpmi1640配制而成。置42℃保温。
（2）用上述0.5%琼脂液（含有饲养细胞）15ml倾注于直径为9cm的平皿中，在室温中待凝固后作为基底层备用。
（3）按100/ml，500/ml或5000/ml等浓度配制需克隆的细胞悬液。
（4）1ml 0.5%琼脂液（42℃预热）在室温中分别与1ml不同浓度的细胞悬液相混合。
（5）混匀后立倾注于琼脂基底层上，在室温中10min，使其凝固，孵育于37℃、5%二氧化碳培养箱中。
（6）4～5天 后即可见针尖大小白色克隆，7～10天后，直接移种至含饲养细胞的24孔中进行培养。
（7）检测抗体，扩大培养，必要是地再克隆化。